网站快照Y u S . H u a n g % E 2 % 9 A % 9 B % E F % B 8 % 8 F > T o g g l e n a v i g a t i o n A b o u t ( c u r r e n t ) B l o g P u b l i c a t i o n s P r o j e c t s C o d e C V T e a c h i n g Y u S . H u a n g S h a n g h a i / B e i j i n g / W u x i , C h i n a S i n c e 2 0 2 2 , I h a v e b e e n S e n i o r D i r e c t o r o f B i o i n f o r m a t i c s a t G e n e c a s t C o r p L t d . , w o r k i n g o n a l g o r i t h m d e v e l o p m e n t a n d m o d e l l i n g ( 算 法 和 模 型 开 发 ) i n c a n c e r t h e r a p y s e l e c t i o n , p r o g n o s i s a n d m o n i t o r i n g , e a r l y s c r e e n i n g ( 肿 瘤 用 药 选 择 、 预 后 、 早 筛 ) . F r o m 2 0 1 5 , I h a v e b e e n a P r i n c i p a l I n v e s t i g a t o r a n d D i r e c t o r o f B i o i n f o r m a t i c s a t S h a n g h a i I n s t i t u t e o f M a t e r i a M e d i c a ( S I M M ) C h i n e s e A c a d e m y o f S c i e n c e s . 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I n m y s p a r e t i m e , I r e a d b r o a d l y a n d e n j o y s p o r t s t h a t i n v o l v e e l o n g a t e d b o a r d s : s u r f b o a r d s , s k a t e b o a r d s ( O r i g i n a l A p e x 3 4 , L a n d y a c h t z G r o m R a c e , D i n g h y ) , a n d s n o w b o a r d s . G i t H u b 代 码 库 : g i t h u b . c o m / p o l y a c t i s O R C I D 0 0 0 0 0 0 0 1 5 9 6 7 4 9 4 8 , R e s e a r c h G a t e E x p e r t i s e : B i o i n f o r m a t i c s , M a c h i n e / D e e p / S t a t i s t i c a l L e a r n i n g , A I D r u g D e s i g n , O p t i m i z a t i o n , D i s t r i b u t e d C o m p u t i n g P r o g r a m m i n g : J u l i a , P y t h o n , R u s t , C / C + + , S Q L , s h e l l , R , a w k O c c a s i o n a l : G O , C # , V u e . j s , J a v a , P H P , P e r l , F O R T R A N , P a s c a l , M A T L A B L i b r a r y : P a r a l l e l C o m p u t i n g ( o p e n M P I , M P I C H ) , B o o s t C + + L i b r a r y , P e g a s u s w o r k f l o w s y s t e m S y s A d m i n : P o s t g r e S Q L , M y S Q L D B , L u s t r e F S , z f s , N F S , C e p h , L D A P , K 8 S , K u b e f l o w , i p t a b l e s , N G I N X l a t e s t p o s t s J a n 1 8 , 2 0 2 5 教 学 视 频 第 一 章 S t a t i s t i c a l R e t h i n k i n g v 2 i n J u l i a M a r 1 5 , 2 0 2 4 7 J u l i a c o r r e c t n e s s i s s u e s r a i s e d i n W h y I n o l o n g e r r e c o m m e n d J u l i a s e l e c t e d p u b l i c a t i o n s M u l t i m o d a l a n a l y s i s o f c e l l f r e e D N A w h o l e m e t h y l o m e s e q u e n c i n g f o r c a n c e r d e t e c t i o n a n d l o c a l i z a t i o n F B i e , Z W a n g , L i Y . , a n d 2 2 m o r e a u t h o r s N a t u r e C o m m u n i c a t i o n s , 2 0 2 3 A b s B i b H T M L P D F M u l t i m o d a l e p i g e n e t i c c h a r a c t e r i z a t i o n o f c e l l f r e e D N A ( c f D N A ) c o u l d i m p r o v e t h e p e r f o r m a n c e o f b l o o d b a s e d e a r l y c a n c e r d e t e c t i o n . H o w e v e r , i n t e g r a t i v e p r o f i l i n g o f c f D N A m e t h y l o m e a n d f r a g m e n t o m e h a s b e e n t e c h n o l o g i c a l l y c h a l l e n g i n g . H e r e , w e a d a p t a n e n z y m e m e d i a t e d m e t h y l a t i o n s e q u e n c i n g m e t h o d f o r c o m p r e h e n s i v e a n a l y s i s o f g e n o m e w i d e c f D N A m e t h y l a t i o n , f r a g m e n t a t i o n , a n d c o p y n u m b e r a l t e r a t i o n ( C N A ) c h a r a c t e r i s t i c s f o r e n h a n c e d c a n c e r d e t e c t i o n . W e a p p l y t h i s m e t h o d t o p l a s m a s a m p l e s o f 4 9 7 h e a l t h y c o n t r o l s a n d 7 8 0 p a t i e n t s o f s e v e n c a n c e r t y p e s a n d d e v e l o p a n e n s e m b l e c l a s s i f i e r b y i n c o r p o r a t i n g m e t h y l a t i o n , f r a g m e n t a t i o n , a n d C N A f e a t u r e s . I n t h e t e s t c o h o r t , o u r a p p r o a c h a c h i e v e s a n a r e a u n d e r t h e c u r v e v a l u e o f 0 . 9 6 6 f o r o v e r a l l c a n c e r d e t e c t i o n . D e t e c t i o n s e n s i t i v i t y f o r e a r l y s t a g e p a t i e n t s a c h i e v e s 7 3 % a t 9 9 % s p e c i f i c i t y . F i n a l l y , w e d e m o n s t r a t e t h e f e a s i b i l i t y t o a c c u r a t e l y l o c a l i z e t h e o r i g i n o f c a n c e r s i g n a l s w i t h c o m b i n e d m e t h y l a t i o n a n d f r a g m e n t a t i o n p r o f i l i n g o f t i s s u e s p e c i f i c a c c e s s i b l e c h r o m a t i n r e g i o n s . O v e r a l l , t h i s p r o o f o f c o n c e p t s t u d y p r o v i d e s a t e c h n i c a l p l a t f o r m t o u t i l i z e m u l t i m o d a l c f D N A f e a t u r e s f o r i m p r o v e d c a n c e r d e t e c t i o n . @ a r t i c l e , a u t h o r = , j o u r n a l = , y e a r = , d o i = , u r l = , d i m e n s i o n s = , } e G A D A : e n h a n c e d G e n o m i c A l t e r a t i o n D e t e c t i o n A l g o r i t h m , a f a s t S p a r s e B a y e s i a n L e a r n i n g b a s e d g e n o m i c s e g m e n t a t i o n a l g o r i t h m Y S H u a n g b i o R x i v , 2 0 2 3 A b s B i b H T M L P D F e G A D A i s a n e n h a n c e d v e r s i o n o f G A D A , w h i c h i s a f a s t s e g m e n t a t i o n a l g o r i t h m u t i l i z i n g t h e S p a r s e B a y e s i a n L e a r n i n g ( o r R e l e v a n c e V e c t o r M a c h i n e ) t e c h n i q u e f r o m T i p p i n g 2 0 0 1 . I t c a n b e a p p l i e d t o a r r a y i n t e n s i t y d a t a , N G S s e q u e n c i n g c o v e r a g e d a t a , o r a n y s e q u e n t i a l d a t a t h a t d i s p l a y s c h a r a c t e r i s t i c s o f s t e p w i s e f u n c t i o n s . I m p r o v e m e n t s b y e G A D A o v e r G A D A i n c l u d e : a ) a c u s t o m i z e d R e d B l a c k t r e e t o s i g n i f i c a n t l y e x p e d i t e t h e f i n a l b a c k w a r d e l i m i n a t i o n s t e p o f G A D A ; b ) c o d e i n C + + , w h i c h i s s a f e r a n d b e t t e r s t r u c t u r e d t h a n C ; c ) u s e B o o s t l i b r a r i e s e x t e n s i v e l y t o p r o v i d e u s e r f r i e n d l y h e l p a n d c o m m a n d l i n e a r g u m e n t p r o c e s s i n g ; d ) u s e r f r i e n d l y i n p u t a n d o u t p u t f o r m a t s ; e ) e x p o r t a d y n a m i c l i b r a r y e G A D A . s o ( p a c k a g e d v i a B o o s t . 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I n t h i s p a p e r , w e d e v e l o p e d D e f f i n i , a s t r u c t u r e b a s e d v i r t u a l s c r e e n i n g n e u r a l n e t w o r k m o d e l . D u r i n g t r a i n i n g , D e f f i n i l e a r n s p r o t e i n l i g a n d d o c k i n g p o s e s t o d i s t i n g u i s h a c t i v e s a n d d e c o y s a n d t h e n t o p r e d i c t w h e t h e r a n e w l i g a n d w i l l b i n d t o t h e p r o t e i n t a r g e t . D e f f i n i o u t p e r f o r m e d S m i n a w i t h a n a v e r a g e A U C R O C o f 0 . 9 2 a n d A U C P R C o f 0 . 4 4 i n 3 f o l d c r o s s v a l i d a t i o n o n t h e b e n c h m a r k d a t a s e t D U D E . H o w e v e r , w h e n t e s t e d o n t h e m a x i m u m u n b i a s e d v a l i d a t i o n ( M U V ) d a t a s e t , D e f f i n i a c h i e v e d p o o r r e s u l t s w i t h a n a v e r a g e A U C R O C o f 0 . 5 1 7 . W e u s e d t h e f a m i l y s p e c i f i c t r a i n i n g a p p r o a c h t o t r a i n t h e m o d e l t o i m p r o v e t h e m o d e l p e r f o r m a n c e a n d c o n c l u d e d t h a t f a m i l y s p e c i f i c m o d e l s p e r f o r m e d b e t t e r t h a n t h e p a n f a m i l y m o d e l s . T o e x p l o r e t h e l i m i t s o f t h e p r e d i c t i v e p o w e r o f t h e f a m i l y s p e c i f i c m o d e l s , w e c o n s t r u c t e d K e r n i e , a n e w p r o t e i n k i n a s e d a t a s e t c o n s i s t i n g o f 3 5 8 k i n a s e s . D e f f i n i t r a i n e d w i t h t h e K e r n i e d a t a s e t o u t p e r f o r m e d a l l r e c e n t b e n c h m a r k s o n t h e M U V k i n a s e s , w i t h a n a v e r a g e A U C R O C o f 0 . 7 4 5 , w h i c h h i g h l i g h t s t h e i m p o r t a n c e o f q u a l i t y d a t a s e t s i n i m p r o v i n g t h e p e r f o r m a n c e o f d e e p n e u r a l n e t w o r k m o d e l s a n d t h e i m p o r t a n c e o f u s i n g f a m i l y s p e c i f i c m o d e l s . @ a r t i c l e , a u t h o r = , j o u r n a l = , y e a r = , d o i = , u r l = , d i m e n s i o n s = , } A c c u c o p y A c c u c o p y : A c c u r a t e a n d F a s t I n f e r e n c e o f A l l e l e s p e c i f i c C o p y N u m b e r A l t e r a t i o n s f r o m L o w c o v e r a g e L o w p u r i t y T u m o r S e q u e n c i n g D a t a X F a n , G L u o , a n d Y S H u a n g B M C B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 1 A b s B i b H T M L P D F B A C K G R O U N D : C o p y n u m b e r a l t e r a t i o n s ( C N A s ) , d u e t o t h e i r l a r g e i m p a c t o n t h e g e n o m e , h a v e b e e n a n i m p o r t a n t c o n t r i b u t i n g f a c t o r t o o n c o g e n e s i s a n d m e t a s t a s i s . D e t e c t i n g g e n o m i c a l t e r a t i o n s f r o m t h e s h a l l o w s e q u e n c i n g d a t a o f a l o w p u r i t y t u m o r s a m p l e r e m a i n s a c h a l l e n g i n g t a s k . R E S U L T S : W e i n t r o d u c e A c c u c o p y , a m e t h o d t o i n f e r t o t a l c o p y n u m b e r s ( T C N s ) a n d a l l e l e s p e c i f i c c o p y n u m b e r s ( A S C N s ) f r o m c h a l l e n g i n g l o w p u r i t y a n d l o w c o v e r a g e t u m o r s a m p l e s . A c c u c o p y a d o p t s m a n y r o b u s t s t a t i s t i c a l t e c h n i q u e s s u c h a s k e r n e l s m o o t h i n g o f c o v e r a g e d i f f e r e n t i a t i o n i n f o r m a t i o n t o d i s c e r n s i g n a l s f r o m n o i s e a n d c o m b i n e s i d e a s f r o m t i m e s e r i e s a n a l y s i s a n d t h e s i g n a l p r o c e s s i n g f i e l d t o d e r i v e a r a n g e o f e s t i m a t e s f o r t h e p e r i o d i n a h i s t o g r a m o f c o v e r a g e d i f f e r e n t i a t i o n i n f o r m a t i o n . S t a t i s t i c a l l e a r n i n g m o d e l s s u c h a s t h e t i e r e d G a u s s i a n m i x t u r e m o d e l , t h e e x p e c t a t i o n – m a x i m i z a t i o n a l g o r i t h m , a n d s p a r s e B a y e s i a n l e a r n i n g w e r e c u s t o m i z e d a n d b u i l t i n t o t h e m o d e l . A c c u c o p y i s i m p l e m e n t e d i n C + + / R u s t , p a c k a g e d i n a d o c k e r i m a g e , a n d s u p p o r t s n o n h u m a n s a m p l e s , m o r e a t h t t p : / / w w w . y f i s h . o r g / s o f t w a r e / . C O N C L U S I O N S : W e d e s c r i b e A c c u c o p y , a m e t h o d t h a t c a n p r e d i c t b o t h T C N s a n d A S C N s f r o m l o w c o v e r a g e l o w p u r i t y t u m o r s e q u e n c i n g d a t a . T h r o u g h c o m p a r a t i v e a n a l y s e s i n b o t h s i m u l a t e d a n d r e a l s e q u e n c i n g s a m p l e s , w e d e m o n s t r a t e t h a t A c c u c o p y i s m o r e a c c u r a t e t h a n S c l u s t , A B S O L U T E , a n d S e q u e n z a . @ a r t i c l e , a u t h o r = , j o u r n a l = , d o i = , u r l = , y e a r = , p u b l i s h e r = , d i m e n s i o n s = , } Y o u c a n e v e n a d d a l i t t l e n o t e a b o u t w h i c h o f t h e s e i s t h e b e s t w a y t o r e a c h y o u . © C o p y r i g h t 2 0 2 5 Y u S . H u a n g . P o w e r e d b y J e k y l l .
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